一些网站的第一页是:www.xxx.com；有些主页是www.xxx.com/index.html.的，这是路径设置的问题吗？我能和第二个网站交换链接吗？

这主要是因为对方的网站没有标准化。如果没有统一的链接，搜索引擎可能会认为这是两个页面，所以权重肯定是不同的，所以你需要看看对方是否专注于用索引优化网站。一般来说，建议不使用索引进行交换。